martes, 16 de septiembre de 2014

Predecir cómo se comportará el VIH con el 'software' de móviles

La empresa de simulación computacional de medicamentos Plebiotics aplica sus algoritmos desarrollados para telefonía móvil para estudiar el comportamiento de los virus.

Gracias a la experiencia adquirida en el campo de la telefonía móvil y a partir de modelos matemáticos basados en algoritmos de transmisión de información mediante ondas, Alvaro López-Medrano decidió dar el salto de su campo de especialización, las telecomunicaciones, al de la investigación médica.

«La ciencia está enlazada y los mismos conceptos se pueden aplicar a disciplinas distintas porque, muchas veces, el sustrato matemático y de ingeniería es el mismo», afirma López-Medrano, director de las empresas Plebiotics (investigación médica) e In Totally (telecomunicaciones).

Tomando como base los algoritmos que había desarrollado en In Totally, López-Medrano decidió fundar Plebiotics para trabajar en el campo de la dinámica molecular por ordenador. «Ahondar en este campo siempre ha sido un sueño para la comunidad científica y, ahora mismo, ese sueño empieza a ser algo real gracias al desarrollo de la tecnología», afirma López-Medrano. «Siempre se ha trabajado con el método de la cristalización, un método que facilita algo parecido a una foto fija de cómo interactúan los fármacos con las proteínas de las células y los virus cuando se intenta tratar una enfermedad », dice. «Ahora», prosigue, «con los medios actuales, como supercomputadores y realidad virtual, podemos obtener una imagen dinámica, como una película, para reducir el número de falsos positivos en las pruebas».

«Nuestras investigaciones se mueven en la misma línea de las de los investigadores que recibieron en Premio Nobel de Química (Martin Karplus, Michael Levitt y Arieh Warshel) en el año 2013», señala López-Medrano. «Mientras que las aproximaciones clásicas sobre la interacción molecular se basan en la dinámica de Newton, ahora están basadas en la mecánica cuántica y pueden demostrarse mediante supercomputación », añade.

Para obtener 'la película' que menciona López-Medrano se requiere un gran despliegue de potencia tecnológica. «La carga computacional es simplemente enrome. Se necesitan simular millones de átomos y es necesario hacer una foto fija cada microsegundo para componer una película de las interacciones entre los elementos», indica. «Si quisiéramos realizar estas simulaciones en un ordenador normal», prosigue, «el proceso requería de meses o, incluso, de varios años, dependiendo de su complejidad».

Los experimentos de simulación del comportamiento de los medicamentos de Plebiotics se realizan utilizando una supercomputadora y trabajando en estrecha colaboración con el Departamento de Realidad virtual y GPU (Graphical Processing Unit/Unidad de Procesamiento Gráfico) de la Universidad Rey Juan Carlos de Madrid. «Aunque esta gente es experta en videojuegos, nosotros podemos aplicar sus conocimientos en un ámbito completamente distinto», señala López-Medrano. «Para la parte química contamos con la estrecha colaboración de Javier Sancho y del Eurodiputado de Podemos en el Parlamento Europeo e investigador, Pablo Echenique», añade.

«Nuestra última línea de investigación abierta se basa en estudiar las interacciones que realiza el VIH en base a una simulación con un el mayor número de átomos que nadie ha intentado hasta la fecha», señala orgulloso López- Medrano. «Anteriormente, habíamos realizado otras investigaciones relacionadas con fármacos naturales y otros campos de la medicina pero desgraciadamente », remata, «muchos de ellos no pueden hacerse públicos por cuestiones de confidencialidad».


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